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Em 2007 Pedro Paulo foi nomeado secretário de Estado da Saúde do Amapá, em meio a uma séria crise na área, durante o primeiro ano do segundo mandato do governador Waldez Góes.

Permaneceu no cargo até abril de 2010, quando assumiu o cargo de governador do Estado do Amapá, com a renúncia do titular que, na época, lançava-se candidato ao Senado Federal.